Místo
Název práce anglicky
Prediction of conformation- and sequence-dependent hydration sites in DNA structures
Anotace
- Seznamte se s datovými formáty a knihovnami používanými ve strukturní biologii [1-3]
- Seznamte se s konformačně a sekvenčně závislou solvatací DNA [4].
- V jazyce C++ vytvořte knihovnu funkcí a na ní založený řádkový program, který zpracuje zadaný mmCIF soubor s modelem biomolekul(y) a s využitím dat z [4] vytvoří kompozitní mapu elektronové hustoty. Výstupem bude předpovězená CCP4 mapa.
- Navrhněte sadu funkcí a odpovídajících parametrů příkazové řádky pro zpracování modelů, které již obsahují částečnou solvataci, jiné biomolekuly, nebo ligandy.
- Upravte C++ knihovnu pro využití také jako modul v Pythonu 3
Vedoucí práce - externí
Ing. Jiří Černý, Ph.D.
Student