Katedra nabízí také obor pro doktorské studium. Ten má název Aplikovaná informatika. Podrobnosti o způsobu podání přihlášek najdete na stránce s přijímacím řízením pro doktorské studium na fakultním webu. Na tomto odkazu najdete další podrobnosti o podmínkách a možnostech studia. Doktorské studium je prezenční čtyřleté nebo kombinované pětileté. Student doktorského studia může působit jak v Praze, tak v Děčíně.
Studium je otevřeno i pro studenty z jiných kateder, fakult či vysokých škol. A jak je vidět na příkladu doktorandky Kristiny Jarůškové, může jít o velmi úspěšné spojení.
Uzávěrka přihlášek je obvykle dvakrát v roce a je zveřejňována průběžně. V přihlášce uchazeč uvede mj. také studijní obor a uvažované rámcové téma dizertační práce.